Études et analyses métagénomiques

Nous réalisons l’étude et la caractérisation de la population microbienne (microbiote) présente dans différents habitats, dont le corps (intestin, bouche, vagin), l’environnement (terres cultivées), les produits alimentaires (conserves, emballages) et l’œnologie (tonnellerie), entre autres.

À cette fin, nous utilisons des systèmes de séquençage de pointe (séquençage gène 16S microbien, shallow shotgun sequencing, shotgun sequencing (prochainement)) et d’analyse bioinformatique

Nous proposons actuellement différentes approches. D’une part, le séquençage du gène 16S microbien, à la fois du gène complet et des régions hypervariables V3 et V4.

Basé sur des couvertures moyennes d’environ 100 000 relevés par échantillon, ce type d’essais permet de caractériser le microbiote présent dans un échantillon, en réalisant la classification taxonomique et phylogénétique des espèces identifiées. L’analyse shotgun est une autre possibilité. Elle permet une résolution taxonomique (espèce) plus élevée que l’analyse du gène 16S, ainsi qu’une meilleure estimation de la diversité microbienne présente dans l’échantillon analysé.

Ce service offre également la possibilité d’effectuer des analyses bioinformatiques spécifiques à partir des fichiers FASTQ obtenus, l’identification et la quantification des séquences génétiques uniques, l’assignation taxonomique et la réalisation d’arbres phylogénétiques.