Azterketa eta analisi metagenomikoak

Zenbait habitatetan dagoen populazio mikrobianoa (mikrobiota) aztertu eta karakterizatzen dugu, hala nola gorputz-habitatetan (hesteetan, ahoan eta baginan), ingurumen-habitatetan (laborantza-lurretan), elikagai-produktuetan (kontserbak, ontziratuak…) eta enologikoak (upeletan).

Azken belaunaldiko sekuentziazio-sistemak (16S gene mikrobianoaren sekuentziazioa, shallow shotgun sequencing teknika, shotgun sequencing teknika —laster—) eta analisi bioinformatikoa erabiltzen ditugu.

Gaur egun, zenbait hurbilketa-mota eskaintzen ditugu. Alde batetik, 16S gene mikrobianoaren sekuentziazioa, gene osoarena zein V3 eta V4 eskualde hiperaldagarriena.

Lagin bakoitzeko 100.000 irakurketa inguruko batez besteko estalduretatik abiatuta, horrelako saiakuntzek aukera ematen dute lagin batean dagoen mikrobiotaren ezaugarriak zehazteko eta identifikatutako espezieen sailkapen taxonomikoa eta filogenetikoa egiteko. Beste aukera bat shotgun teknikaren bidezko analisia da; 16S genearen analisiarekin baino bereizmen taxonomiko (espeziea) handiagoa lor daiteke, eta hobeto balioets daiteke aztertutako laginean dagoen dibertsitate mikrobianoa.

Zerbitzuak, halaber, aukera ematen du lortutako FASTQ fitxategietatik abiatuta analisi bioinformatiko espezifikoak egiteko, gene-sekuentzia bakarrak identifikatu eta kuantifikatzeko, taxonomia esleitzeko eta zuhaitz filogenetikoak egiteko.